通過質譜的蛋白分析和鑒定首先要求將蛋白打碎成組成的肽段。一旦蛋白被打碎，肽段可以被分離通過使用反向色譜柱然后使用質譜來檢測肽和肽段。
1、蛋白酶和蛋白的鑒定
通過蛋白酶打碎蛋白來用分析，其中最常用的是胰蛋白酶. 蛋白酶是序列特異性的從而能夠產生最好的蛋白消化。其他蛋白酶用于特定性的序
列， 然而更加多樣性的全面性的蛋白酶或許用于整個質譜的過程。理想情況下，用于質譜的蛋白酶能夠適用于多種策略用于消化同時已經在質譜儀
器配套使用中中已經得到檢測. 當提到蛋白酶，消化時間和切割特異性是最重要的因素。消化時間或許影響質譜結果的可靠性，而切割會影響分離
的肽。
2、蛋白酶的分配，運輸和儲存
蛋白酶在溶液中和膠中產生出來，單獨的蛋白酶被分離出來，這樣可以有用和方便的在實驗室中使用。溶液中的蛋白酶傾向于用于小量的樣
品， 而膠中的懸浮液用于更加復雜的操作需要余外的控制。不管怎樣，蛋白酶的質量是平等的進行驗證，蛋白酶的效果應該是連續的。
3、在質譜中胰蛋白酶的角色
胰蛋白酶的特性使它非常適合于質譜的鑒定，這就是胰蛋白酶為什么是最常見使用的蛋白酶。胰蛋白酶能夠切割蛋白到非常適用于質譜的尺
寸，在 700 到1500道爾頓. 除此之外，胰蛋白酶是有效的和多樣性的, 能夠包含其他所需要的添加劑因此可以根據測序完成的情況進行方案的定
制。胰蛋白酶對于賴氨酰-脯氨酸化學鍵和精氨酰-脯氨酸化學鍵進行非常有限的切割，而留下在精氨酸和賴氨酸殘基羧基端的肽鍵。最重要的，胰
蛋白酶能夠最好的消化蛋白用于肽段分析和測序分析。這使它成為得到可靠結果最快和最容易的方式。
胰蛋白酶在實驗室中的用處
在質譜的使用中，胰蛋白酶用于品質和甲基化的測試用于提高實驗室中的穩定性。胰蛋白酶可以高度抵抗降解和自溶，在標準的溫度下它非常穩
定。 從實用角度講，胰蛋白酶對于實驗室來說是很有價值的因為它的高度穩定性; 它不需要額外的關注不管是運輸還是儲存。豬和牛來源的胰蛋白
酶對于質譜應用來說效果都不錯, 不過豬胰蛋白酶更加常見。胰蛋白酶通常在特定體積的再懸浮緩沖液中保存提供。通常推薦胰蛋白酶蛋白比率
在 1:20和 1:100 在質譜過程中.
當操作質譜實驗的時候,通常手頭有最好的消耗品是非常重要的。質譜實驗會因為蛋白酶不穩定或蛋白沒有得到充分消化而失敗。為了質譜實驗的目
的，胰蛋白酶是經過精制的，穩定的，經過測試的來保證它會提供可靠和準確的結果當用于質譜鑒定的時候。盡管也有其他的蛋白酶可以用于質譜
實驗，胰蛋白酶可以提供最好的和最可靠的讀數。
